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Entrevista

“Refract tiene como objetivo comprender las proteínas repetidas”

Desde niño, el Dr. Rob Finn se interesó en la informática y la infraestructura de software, por lo que gran parte de su vida se ha dedicado al estudio y recolección de la data de proteínas repetidas. El especialista visitó nuestro campus para compartir sus conocimientos en un simposio que reunió a expertos en bioinformática. Finn conversó en una entrevista exclusiva para PuntoEdu con la Dra. Layla Hirsh, docente de la PUCP y una de las investigadoras pioneras en proteínas repetidas.

  • Rob Finn
    investigador del European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
  • Texto:
    Layla Hirsh
  • Fotografía:
    Héctor Jara

Cuéntanos, ¿por qué estás en Perú?

Somos parte de un proyecto llamado Refract, que tiene como objetivo comprender las proteínas repetidas, pero también buscamos fortalecer los vínculos entre científicos de Europa y América Latina. Entonces, uno de los objetivos de que yo esté aquí es venir, hablar con la gente, explicar sobre los recursos de datos Pfam (familia de proteínas) e InterPro. También conversar con personas que tienen un mayor interés en entrar al detalle y contribuir directamente con estos recursos. Así, lo que estamos tratando de hacer es llevar a Pfam en una especie de gira para enseñar cómo usarla y cómo generar entradas de Pfam usando la infraestructura que tienen aquí en la PUCP.

Háblanos un poco de tu perfil profesional.

Me formé como microbiólogo, pero desde niño tuve interés en la computación. Durante mi doctorado, terminé ejecutando infraestructura informática para equipos y escribiendo sobre software. Es posible que sea una mezcla en términos de microbiólogo e informática.

¿Qué disciplinas se ven representadas en tu equipo de trabajo?

El equipo se divide —y esto sucede tanto en el equipo de investigación como en el de servicio— en un experto en informática, ciencias de la computación, desarrolladores web, personas que se encargan de la infraestructura y otros son software de producción, que podría ser desde la creación de software hasta la ejecución de pipelines. También tenemos curadores biológicos de diversos perfiles.

¿Cuáles son tus impresiones de la PUCP hasta ahora?

Los laboratorios son geniales. He estado trabajando con algunos de la especialidad en la configuración de la infraestructura de computación. Tener este tipo de instalaciones de computación en la nube de Amazon es algo increíble y nos permite tener clases. Poder ingresar a esta infraestructura es fundamental para el éxito de este tour de Pfam. Este corredor (pabellón V) es como si estuviera en cualquier lugar de Europa.

¿Existen oportunidades para los latinoamericanos en estos temas?

Hay muchas y varían en términos de profundidad. Algunas de ellas podría ser solo hablar y fomentar la comunicación al decirnos qué funciona sobre nuestros recursos o qué cosas están ausentes desde su punto de vista. También puede ser una especie de colaboración ligera, que tal vez alguien tenga datos que desee analizar o haya algunas entradas que quiera realizar en Pfam. Hay oportunidades potenciales, por ejemplo, la microbiota intestinal o el proyecto como Refract, que nos permite construir conexiones mucho más fuertes. Recuerda que tienen muchos científicos talentosos aquí y ahora hay más opciones para fabricar estas redes.

¿Qué les dirías a los estudiantes interesados en especializarse en bioinformática?

Creo que cualquiera que esté considerando una carrera en bioinformática debería estar pensando en lo que más le interesa y dónde debería enfocarse, porque es un título muy amplio. Podría ser el desarrollo de algoritmos, una especie de análisis de datos o alguien como yo, que maneje recursos para la comunidad. Hay roles distintos y se requiere de habilidades muy diferentes. Cuando estén haciendo un curso de bioinformática necesitan hacerse las preguntas: ¿dónde me veo? y ¿dónde debo especializarme?

Trayectoria: dirige el equipo de Sequence Families Team de EMBL-EBI, una de las sucursales del European Molecular Laboratories, que es responsable de los recursos de datos InterPro, Pfam (familia de proteínas), Rfam, RNAcentral y MGnify (Metagenómica). Tiene un pequeño grupo que investiga las funciones de la ‘materia oscura’ microbiana. Entre 2001 y 2010, fue el líder del proyecto para Pfam en el Wellcome Trust Sanger Institute, en el Reino Unido. Su formación académica es en microbiología y tiene un Doctorado en Bioquímica por el Imperial College de Londres.

Evento: Simposio “Peruvian Bioinformatics Symposium on Repeat Proteins”
Organizadores: Sección Ingeniería Informática y Refract International Consortium

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