La Asamblea Universitaria es el máximo órgano de gobierno de la Universidad y es presidida por nuestro rector, quien es el representante legal de la misma. Luego, están la vicerrectora académica, el vicerrector de Investigación y el vicerrector administrativo, 14 decanos, 32 representantes de los profesores, 4 jefes de departamento, 29 representantes de los estudiantes, 5 obispos representantes del Episcopado, 1 representante del personal administrativo y 2 representantes de los graduados.

El Consejo Universitario es el órgano superior de promoción y ejecución de la Universidad. También es presidido por el rector. Luego están los 3 vicerrectores, 5 decanos, 6 directores académicos, 1 jefe de departamento, 4 estudiantes elegidos por y entre los representantes estudiantiles ante la Asamblea Universitaria, y 1 representante de los graduados.