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En los últimos años, esta zona ha sido afectada por la constante presencia de minería formal, artesanal e ilegal, amparadas por normas que extienden los plazos para su ‘formalización’ (cuatro prórrogas desde el 2002). Bajo ese pretexto, sumado a la ineficacia de los trámites y la inacción de las autoridades -Ministerio de Energía y Minas, Ministerio del Ambiente, Congreso y gobiernos regionales-, los mineros continúan sus actividades al margen de la legalidad.
 
Según la Sociedad Peruana de Derecho Ambiental (SPDA), basta la inscripción en el Registro de Formalización Minera (Reinfo) para que un minero informal pueda operar dentro del Corredor Minero, aun si no tiene aprobado el Instrumento de Gestión Ambiental y Fiscalización (Igafom). Ello ha permitido que ingresen dentro de concesiones forestales y zonas de amortiguamiento -‘escudos’ de bosques que rodean áreas naturales protegidas- de la Reserva Nacional Tambopata, del Parque Nacional Bahuaja Sonene y de la Reserva Comunal Amarakaeri. Según la misma fuente, solo en Madre de Dios, el área deforestada por la actividad minera equivale a todo el distrito de Lurigancho-Chosica, el cuarto más grande de Lima Metropolitana.

 
Según un 
informe del portal Mongabay, la minería informal e ilegal forman parte del engranaje económico de la región Madre de Dios. Una buena porción de sus habitantes se opone a la fiscalización -a cargo de los únicos tres fiscales ambientales en la zona-, pues dependen directa o indirectamente de esta actividad. Asimismo, el respaldo político de gobernadores y congresistas vinculados a los mineros hace casi imposible cualquier intento de regularizar su situación. Entre ellos, el reelecto gobernador regional Luis Otsuka, exdirigente de la Federación Minera de Madre de Dios y dueño de dos concesiones mineras.
 
Por otro lado, dos iniciativas legislativas que favorecen a la minería ilegal fueron aprobadas este año, una de ellas a cargo del actual presidente del Congreso: Eduardo Salhuana. Una tercera iniciativa, que reúne varios proyectos, busca luz verde para una nueva prórroga y distintas condiciones para acceder al Reinfo. Actualmente, señala Mongabay, 2,492 mineros que están en proceso de inscripción en el registro pertenecen a Madre de Dios.